Die Sanierung bei Pilzbefall richtet sich nach der Art des Pilzbefalles. Nach DIN 68800, Teil 4 Holzschutz ist ein Gesundschneiden der befallenen Hölzer erforderlich, d. h. beim Befall mit Echtem Hausschwamm ist 1m über dem sichtbaren Befall, und bei anderen Hauspilzen 0,3 m über dem sichtbaren Bereich zurückzuschneiden. Befallenen Schüttungen oder Schalungen sind beim Echten Hausschwamm 1,5 m über dem sichtbaren Befall zu entfernen. 
Zu Sanierungsarbeiten bei Befall mit Echtem Hausschwamm sollte ergänzend das WTA Merkblatt (Entwurf) E 1-2-03/D einbezogen werden!
Befallene Bauteile dürfen keinesfalls zum Ausgangspunkt neuen Befalls werden. Bekämpfung und Entsorgung des Befalls ist nach Sächsischer Bauordnung darauf spezialisierten Betrieben zu überlassen. Den Neueinbau von Hölzern bezüglich vorbeugend chemischen Holzschutz im Zusammenhang mit Gefährdungsklassen regelt  DIN 68800, Teil 3. Echter Hausschwamm ist meldepflichtig! 
Grundbestandteil jeder Sanierung bei Pilzbefall ist die Beseitigung des ursächlich dafür verantwortlichen Feuchteintrags. 
Es ist notwendig, vor Aufnahme der Sanierung die statische Sicherheit zu gewährleisten!

• Decke/Doppeldecke
  Der Bereich der Bohlstubendecke ist durch Pilzbefall gefährdet. Ausgangspunkt sind häufig Nassbereiche oberhalb der Decke oder sonstiger Feuchteeintrag (z. B: defektes Leitungssystem). Besonders kritisch ist ein solcher Befall im Bereich der schwer kontrollierbaren Doppeldecke. Eine dafür geeignete Diagnosemethodik ist die Endoskopie. Prinzipiell wäre es möglich, neue Holzteile anzuschuhen oder anzulaschen. Weil der Deckenbalken aber im Sichtbereich liegt, entfällt diese Methode meist zwangsläufig. Infrage kommt damit i. W. der Komplettaustausch von Deckenbalken oder neuartig im Einzelfalle der Einsatz formgerechter Kunstharzprothesen. Wegen der geforderten Sicherheitszonen beim Gesundschneiden ist meist nur der Austausch ganzer Holzbalken(-bereiche) nebst Schüttungen und Schalungen sinnvoll.
   
• Bohlstube
  In der Bohlstube sind bezüglich Pilzbefalls besonders die unteren Bohlenlagen wie auch der Fußbodenbereich gefährdet. Verantwortlich dafür ist aufsteigende Feuchtigkeit bei fehlenden horizontalen Bauwerksabdichtungen. Die Dielung liegt in vielen Fällen nur auf Balken, die unmittelbar auf dem Erdboden oder bestenfalls auf untergelegten Steinen gelagert sind. Sanierend ist meist nur der Komplettaustausch befallener Holzbauteile sinnvoll. Die durch Fäulnis geschädigten Bohlen sind einschließlich der vorgeschriebenen Sicherheitszone zu entfernen. Dazu sind vorher die oberen gesunden Bohlen statisch in ihrer Lage zu sichern. Außerdem ist die Schadensursache zu beseitigen, indem zwischen Fundament und unterster Bohle eine horizontale Bauwerksabdichtung eingebracht wird. Nach Möglichkeit ist die Fundamentvorderkante abzuschrägen. In Einzelfällen kann es möglich sein, Bohlen anstelle in ihrer gesamten Länge, nur abschnittsweise zu tauschen. Vorhandene Verbretterungen sind im gleichen Sinne in die Sanierung einzubeziehen. Besonderes Augenmerk ist bei diesen Arbeiten auf die Gewährleistung der Winddichtheit zu legen. Bei biotischen Schädigungen der Dielung sind die betroffenen Bereiche ebenfalls zu entfernen und durch neue Balkenlagen und Dielung zu ersetzen. 
  Bei derartigen Sanierungen sollte auf neuere Konstruktionsformen von Fundament und Fußbodenaufbau Wert gelegt werden (siehe Teil Bauphysik).
   
• Dächer
  Pilzbefall am Dachtragwerk tritt vor allem an Stellen potentiellen oder vorhandenen Feuchteeintrags auf. Besonderer Gefährdung unterliegt der Traufbereich sowie Stellen unterhalb einer defekten Dachhaut. Je nach Schädigungsumfang reicht die Sanierung vom abschnittsweisen bis totalen Austausch der betroffenen Holzbauteile. Vorrang hat eine historisch gerechte Zimmermannsausführung der Verbindungen.
   
• Fachwerk
  Pilzbefall am Fachwerk hat seine Ursache neben direkter Befeuchtung, z. B. in Ausgussnähe oder bei defekten Fensterdichtungen meist in einem fehlerhaften Wandaufbau, insbesondere einer falsch angebrachten und/ oder fehlerhaft dimensionierten Innendämmung (siehe Teil Bauphysik). Die betroffenen Wandabschnitte müssen unter Beachtung von DIN 68800 (siehe oben) ausgetauscht und neu ausgefacht werden. Unbedingt sind die Ursachen des Feuchteintrags zu beseitigen!